История клуба берёт своё начало в 1983 году, когда выпускник Тартуского Университета тренер Троянов А. М., работая учителем физкультуры в средней школе №9 г. Тарту, набрал первую свою учебную группу 1974 г. р. Школа была, по численности учащихся, самой маленькой в городе. И тем не менее из той команды в сборной Эстонии играли Рокачевский Дмитрий и Волков Юрий.

В 1987 году главной тренировочной базой клуба стала средняя школа №13, которая в последствии будет переименована в гимназию Аннелинна. В одной их самых больших школ города появилось много мальчишек, желающих заниматься футболом. Открылись новые учебные группы, для работы с которыми были приглашены  молодые тренеры:  Семёнов Александр, Никифоров Павел, Лебедев Александр, Бураев Владимир.

С 1990 года все учебные группы были объеденены в клуб, которому дали название JK «Merkuur-Juunior«. Автором эмблемы клуба является Павел Варунин.

Первым президентом клуба был Михаил Ефимов. Его приемником был Сергей Трепнёв, Андрей Луппа, Олег Щербаков, который занимает этот пост и поныне. Поменялся и тренерский состав клуба. В настоящее время в клубе работают Троянов А. М. (старший тренер клуба), Бураев В. А. и Греков С. К., который пришел на смену Митрофанову В. Г., тренировавшему учебную группу 1985/87 г. рождения.

У клуба всегда были друзья, которые оказывают клубу бескорыстную помощь. Спасибо им всем огромное! Но особых слов благодарности заслуживают Юрий Иванович Лысак и Александр Владимирович Семенов.

В 1992-1993 годах Юрий Иванович, руководивший в то время фирмой «L.M.R.A.», превратил жизнь в клубе в сказочную! Для ребят были созданы великолепные условия: был приобретён двухэтажный автобус, на котором ребята ездили на международные турниры в Бельгию и во Францию бесплатно; команды были одеты в красивую форму; в различные поездки выделялись продукты питания и напитки.

Александр Семёнов, проработав в клубе тренером, помог команде 1980 г. рождения стать чемпионами Эстонии, которая была приглашена на международный турнир в Финляндию на известный турнир «Kokkola Cup». На этом турнире команда клуба заняла III место, показав красивый техничный футбол. Команды клуба стали приглашать на различные турниры в Европу. Так завязались международные связи с клубами из Финляндии, Бельгии, Люксембурга, Франции.

Александр ушел в бизнес, стал состоятельным человеком и продолжает помогать клубу, но уже финансово. Многие поездки на турниры в Россию и Европу никогда бы не состоялись, если бы не его помощь!

Особо стоит отметить большой вклад в становление и развитие клуба Ларисы Тимофеевны Трояновой, которая стояла у истоков клуба и многое сделала для его популярности!

Клуб гордиться своими воспитанниками, которые приглашались в различные юношеские, молодёжную и национальную сборные Эстонии, играли в Лиге мастеров Эстонии. Это Олег Колоцей, Артур Осипов, Андрей Тюнин, Ваагн Арутюнян, Семён Троянов, Виталий и Владислав Гусевы, Сергей Костин, Сергей Отчик, Вадим Сееро, Евгений Войтович, Эрик Григорьев, Аветис Харутюнян, Артур Пикк, Антон Лапаногов, Девид Лехтер, Георг Корос, Артур Лакс.